西暦999年は、亥（い）年で、干支は己亥、日本の元号では長徳5年・長保元年である。10世紀末で、時代は古代、平安時代中期となる。第66代一条天皇の時代であり、皇紀1659年となる。

999年の前の年は998年（長徳4年）で、次の年は1000年（長保2年）である。

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