兵主神社（ひょうすじんじゃ）は、長崎県壱岐市芦辺町深江本村触にある神社。兵主神社の一つ。御朱印の有無は不明。

『延喜式』巻9・10神名帳 西海道神 壱岐国 壱岐郡「兵主神社」に比定される式内社（名神大社）の論社。近代社格では村社。

平安時代初期の弘仁2年（811年）、山城国日吉山王を勧請した。御祭神は、素盞嗚尊・大己貴神・事代主神。

比叡山から村の卯辰の海辺一の瀬に到着し、今の京徳の丘である谷山に鎮座した。この際の勧請の供をしたのが、京徳・甫久・大宝の三氏で、当社家となった。

古号は「日吉山王権現」。仁寿元年（851年）正月には正六位上に叙された。

戦国時代の永緑10年（1567年）4月28日の棟札には山王三七社、江戸時代初期の慶長8年（1603年）4月29日の棟札に日吉山王三七社とある。

江戸時代前期、延宝4年（1676年）、橘三喜が当社を聖母神社に査定した。現在の聖母神社が、式内社「兵主神社」とされた。

しかし、箱崎八幡宮の祠官吉野末益が異を唱え、延宝7年（1679年）、当社が式内社「兵主神社」に比定され、聖母神社は復称した。

元緑4年（1691年）2月には国主源任が御旗二流を、江戸時代中期の賓永4年（1707年）11月には国主源棟が御矛二本をそれぞれ寄進した。

正徳5年（1715年）に正一位に叙され、現在は正一位兵主神社と称した。社領高2石、社殿再建ごとに国主より白銀5枚が寄進されたという。

平戸藩主が一貫して崇敬した神社で、大祭に際しては神幸式、流鏑馬の神事が馬廻りの武士の代参のもと執行された、壱岐の神社十七社の一つ。

明治9年（1877年）12月4日、村社に列し、大正3年（1914年）6月、神饌幣帛料供進神社に指定された。

例祭は10月20日。現在は、高御祖神社の兼務神社。なお、式内社「兵主神社」の論社は他に、本宮八幡神社がある。

【ご利益】
厄災除け、病気平癒、商売繁盛

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