小戸神社（おどじんじゃ）は、宮崎県宮崎市鶴島にある神社。ひむか神話街道100の伝承地の一つで、第56番。参拝すれば、御朱印を頂ける。

江田神社・住吉神社とともに、伊弉諾大神の禊ぎの神話にまつわる神社で、昔から海の神、航海の神として信仰されてきた。

また、全国のすべての神社で奏上される「祓詞」にもあるように、筑紫の日向の橘の小戸の阿波岐原にて禊祓をされた神を祀るため、厄災除けの信仰も集める。

第12代景行天皇の勅によって創建されたと伝わる。古くは今の大塚地区と下北方地区との間の三角州、すなわち旧宮崎市街地全域を小戸と称した。

「筑紫の日向の橘の小戸」の地名そのままに太古伊弉諾大神が禊祓をした地であり、天照皇大神をはじめ、諸貴神誕生の聖地、とされる。近くには岩ヶ瀬水神神社もある。

旧称を「小戸大明神」といい、室町時代の文明5年（1473年）、都於郡城主伊東祐尭が社殿を改築、神領30町を有したという。

「小戸さま」として親しまれたが、永禄年間（1558年-1570年）・天正年間（1573年-1593年）の相次ぐ戦乱により宝物・旧記などを失った。

江戸時代になっても寛文2年（1662年）の外所地震（西海大地震）のため、上別府の大渡の上に移転・奉遷、翌3年（1663年）には上野邑（上野町）に遷座した。

ちなみに、西海大地震に関する伝承は一葉稲荷神社にも伝わる。

享保3年（1718年）には延岡藩主牧野氏より新たに社地を寄進されるなど、藩主の庇護を受け神殿・拝殿を修復、社殿を再興している。

明治維新後に現社号に改称した。昭和7年（1932年）に橘通り拡張により、大淀川の辺りの現社地へ遷座し、昭和9年（1934年）5月27日に竣工、本殿正遷座祭が斎行された。

日本海軍の軽巡洋艦「大淀」の艦内神社に分祀したとの説があるが、確証はない。

ただし、艦艇を擬人化したキャラクタである艦娘（かんむす）を強化・育成、正体不明の敵艦を撃破していくゲーム・アニメ『艦これ』ファンの聖地の一つになっている。

また、その名を引き継いだ海上自衛隊の護衛艦「おおよど」の艦内神社に分祀しているという。