各地に所在する（日吉大社が勧請元）日枝神社などの例祭も、山王祭と呼称されることが多く、著名なものに、東京都千代田区の日枝神社の山王祭があるが、それらと区別するためにも、日吉大社の場合、特に日吉山王祭という。

平安時代以来、日吉祭と呼ばれ、、江戸時代には山王祭・日吉山王祭と呼ばれた他、日吉大社の所在地により坂本祭とも呼ばれた。

鎌倉時代の記録では、延暦10年（791年）に神輿が新造されて坂本から唐崎に渡御したのが最古とされている。平安時代になる前、実に奈良時代から行われている祭典ということになる。

古来4月中旬の午の日から酉の日までの4日間行われ、3日目の申の日に主たる行事が行われていた。現在は新暦のもとで行われ、3日目の4月14日に主たる行事を行っている。

室町時代までは申の日に勅使が派遣されていた。また、臨時祭（天皇勅願による勅祭の一種）も鎌倉時代から室町時代まで行われていた。江戸時代には祭の様子が屏風絵などに描かれた。

事前の行事として3月1日に2基の神輿を日吉大社東本宮奥宮がある牛尾山（八王子山）の山頂に運ぶ「神輿上げ」と、4月3日に天孫神社（四宮神社）に全長8メートルの榊を奉納する「大榊」の儀式が行われる。

4月12日（かつての午の日）の夕方、甲冑を付けた武者に警固された神輿が牛尾山から東本宮（里宮）に降ろされる。

13日（かつての未の日）には甲冑を付けた武者姿の稚児を先頭に造花の大指物を持った青年たちが練り歩く「花渡り式」が行われ、夕方に東本宮の大政所で宵宮落しを行って神輿を荒々しく振った後に西本宮（大宮）拝殿に移される。

14日（かつての申の日）が祭りの主会場である西本宮での儀式となり、天孫神社に奉納されていた大榊の還御、神仏分離後も継続されている天台座主による五色の奉幣などに続いて、各社から西本宮に集められた神輿の渡御が行われる。

そのうち2基が神輿船で琵琶湖を渡る船渡御が行われる。神輿船は唐崎沖にて粟津の供御と称される御供え物を捧げ、これを琵琶湖に投じた後に夕方に西大宮に帰還する。

15日（かつての酉の日）に諸社の巡拝を行って終了する。さらに詳細や細かい日程は公式サイトまで。

なお、春に行われる日吉山王祭は、夏の建部大社の船幸祭、秋の天孫神社の大津祭とともに大津三大祭の一つであり、また、大津祭と、長浜八幡宮の曳山祭とともに湖国三大祭の一つとされる。

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