「ぶどう寺」大善寺の本堂は、薬師堂とも呼ばれ、寄棟造、檜皮葺。鎌倉時代の本格的密教仏堂で、内部の柱に弘安9年（1286年）の刻銘がある。鎌倉幕府第九代執権の北条貞時による再建とされる。

山梨県で最も古い建物であり、関東で最古の木造建築物。屋根は寄棟造（正面から見た屋根形が台形を呈する）であるが、大棟（台形の上辺に当たる部分）が極端に短いのが特色である。

ただし、この屋根形式は江戸時代の修理によるもので、建築当初からこのような形であったかどうかは定かでない。

堂内の厨子は堂よりやや遅れて文和4年（1355年）の作で、附たりとして国宝に指定されている。

厨子の中に納められている「薬師如来像」と「日光・月光菩薩像」は秘仏で、普段は拝むことはできないが、5年に一度御開帳がある。

薬師如来像は、頭部胴体とも奥行きが深く、両肩は肉つき豊かで、下腹部は突出し、緊満した姿態は一木造りの特有の量感を示している。

厨子の両脇に日光・月光菩薩像と十二神将立像は、鎌倉時代の蓮慶作として、国の重要文化財となっている。