出雲大社の本殿は、玉垣、瑞垣（廻廊）、荒垣の三重の垣根に厳重に守護され、本殿内北西には御客座五神（天之御中主神、高御産巣日神、神産巣日神、宇摩志阿斯訶備比古遅神、天之常立神）が祀られている。

主祭神である大国主大神の御神座は本殿内北東にあり、正面である南側ではなく西側を向いている。天井には七つの雲の絵が描かれている。

現在の本殿は延享元年（1744年）に建てられたもの。

古来、社殿の高大さをもって名高かった。その高さが異常だったことを伝える史料や伝承が少なくなく、特に平安時代中期から鎌倉時代初期に至る200年間に、7度も倒壊したことが記録によって確かめられ、不安定な倒れやすい構造であったことは事実のようである。

宝治2年（1248年）の造営から慶長14年（1609年）の造営までは規模が縮小されたが、次の寛文7年（1667年）の造営では面目を一新して、社地を拡張し本殿の位置を少し変えるとともに、本殿の大きさも再び大きくなった。

現存本殿は、寛文度の規模と形式を踏襲している。どちらにしろ、現存のものでも十分に神社としては破格の大きさである。

本殿は、高さ8丈（およそ24メートル）、一辺3丈6尺（約10.9メートル）の正方形で床が高く、四周に縁をめぐらす。正面の向かって右の間に板扉を開き、左の間に蔀戸を吊るほかは三方とも板壁であって、扉の前には階段がある。

屋根は切妻造、檜皮葺で、破風にゆるい反りがあり、大棟の上に千木と堅魚木をおく。殿内中央には特別に太い柱があって、古来この柱は神聖視されてきた。内部はこの柱を通る左右の線で前後に分かれ、内殿が右奥に左を向いて安置されている。

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