三ヶ所神社（さんがしょじんじゃ）は、宮崎県西臼杵郡五ヶ瀬町三ヶ所にある神社。参拝すれば、「日向二上山本宮」などとある御朱印を頂ける。

五ヶ瀬町と高千穂町にまたがる、標高1060メートル、男岳と女岳の二つの頂をもつ二上山（ふらがみやま）を御神体とする。キャッチフレーズは、「しゃくなげと神話彫刻の社」。

二子山には天孫降臨の伝承があり、男嶽の9合目に奥宮がある。御祭神は伊弉諾命、伊弉冉命。火瓊瓊杵命、猿田彦命、菅原道真を合祀する。

当社は平安時代の昌泰年間（898年-901年）に創建したと伝わる。二上山への信仰はそれよりはるかに先行すると考えられる。二上神社との関係も指摘されている。

天正年間（1573年-1593年）には当地にあった坂本城の守護神と考えられ、二上大明神とも。

江戸時代、第11代将軍徳川家斉の治政、文化15年/文政元年（1818年）、当時の延岡藩主の篤い信仰から、豊後の宮大工棟梁牧彦兵衛以下15名が招かれた。

そこで、社殿が改築され、流造の総欅造り、今に伝わる見事な社殿彫刻がほどこされた。牧彦兵衛は京都九条家出入りの名工と伝えられている。

県の文化財に指定されている本殿の彫刻は全部で74体あり、人物（5体）、動物・霊獣（8種）、鳥類（8種）、植物（6種）、自然現象（5種）、文物（2種）。

その中でも海馬と龍は4体あり、現在でも当社の御守は海馬守と言う。

4月上旬から5月中旬にかけては、しだれ桜と石楠花祭がある。4月第3日曜日が春祭で、神楽が奉納される。

9月最終日曜日が例大祭で、境内において、国の重要無形民俗文化財に指定されている「五ケ瀬の荒踊」が奉納される。

しだれ桜とともに、シャクナゲの名所としても、隣接する浄専寺とともに有名で、その数は1万2000本にもなるという。

六峰街道沿いにあり、付近の山は、春はアケボノツツジ、夏は新緑、秋は紅葉、冬には光り輝く樹氷が見られるという。

【ご利益】
夫婦和合・縁結び、方除け・交通安全、学問成就（公式HP）

【関連記事】
・紅葉の名所で知られる神社 - 特に有名な、10月下旬から11月にかけて行って得する神社一覧
・重要無形民俗文化財「五ケ瀬の荒踊」 - 宮崎県、戦国時代に始まった、大規模な風流踊り
・宮崎県の神社 - 本サイトに掲載されている神社で、宮崎県に鎮座している神社の一覧