傾向からみると、その神社の主要な建造物のうち、その当時、周囲一帯で一流の技術で建てられたものの中で、近世・江戸期のものも含まれるものの、およそ中世までに建立され、現存している建物が、指定される可能性が高い。

近畿地方に集中している。京都府、奈良県はもちろん、滋賀県が多いのが特徴。式内社でも異常に集中している近江国、神社祭祀についても特別な事情があるのかもしれないことが、国宝指定にも何らかの影響を与えたか。

伊勢の神宮（伊勢神宮）のように、定期的に式年遷宮を行い、社殿を新装している神社は、指定されづらくなる。伊勢神宮の社殿で国宝に指定されているものはない。

有名な神社が名を連ねるが、一部にはそこまで著名ではない神社も含まれる。有名な神社でも、数百年に渡る歴史の中で、戦災、災害、火災などを乗り越えられた、ごくごく一部の主要な建造物だけに指定されているものであって、ある意味では極めて幸運に恵まれた、それ自体がパワーを秘めた建造物群と言える。

なお、大笹原神社のみ、御朱印の授受は行っていない。その他の、社殿が国宝に指定されている神社では、参拝すれば御朱印を頂ける。

大崎八幡宮　（宮城県）

［住所］宮城県仙台市青葉区八幡
［電話］022-234-3606
［指定］本殿・石の間・拝殿

出羽三山　（山形県）

［住所］山形県鶴岡市羽黒町
［電話］0235-62-2355
［指定］羽黒山五重塔
［社格］月山神社 - 出羽神社 - 湯殿山神社

東照宮　（栃木県）

［住所］栃木県日光市山内
［電話］0288-54-0560
［指定］本殿・石の間・拝殿、正面及び背面唐門、東西透塀、陽明門、東西廻廊

仁科神明宮　（長野県）

［住所］長野県大町市社宮本
［電話］0261-62-9168
［指定］本殿・中門（前殿）

久能山東照宮　（静岡県）

［住所］静岡県静岡市駿河区根古屋
［電話］054-237-2438
［指定］本殿、石の間、拝殿

御上神社　（滋賀県）

［住所］滋賀県野洲市三上
［電話］077-587-0383
［指定］本殿

大笹原神社　（滋賀県）

［住所］滋賀県野洲市大篠原
［電話］077-587-3710（野洲市観光物産協会）
［指定］本殿

都久夫須麻神社　（滋賀県）

［住所］滋賀県長浜市早崎町
［電話］0749-72-2073
［指定］本殿

日吉大社　（滋賀県）

［住所］滋賀県大津市坂本
［電話］077-578-0009
［指定］西本宮本殿及び拝殿、東本宮本殿及び拝殿

苗村神社　（滋賀県）

［住所］滋賀県蒲生郡竜王町大字綾戸
［電話］0748-57-0160
［指定］西本殿

宇治上神社　（京都府）

［住所］京都府宇治市宇治山田
［電話］0774-21-4634
［指定］拝殿、本殿

賀茂御祖神社　（京都府）

［住所］京都府京都市左京区下鴨泉川町
［電話］075-781-0010
［指定］東本殿、西本殿

賀茂別雷神社　（京都府）

［住所］京都府京都市北区上賀茂本山
［電話］075-781-0011
［指定］本殿・権殿

豊国神社　（京都府）

［住所］京都府京都市東山区大路正面茶屋町
［電話］075-561-3802
［指定］唐門

北野天満宮　（京都府）

［住所］京都府京都市上京区馬喰町
［電話］075-461-0005
［指定］本殿、石の間、拝殿、楽の間

石清水八幡宮　（京都府）

［住所］京都府八幡市八幡高坊
［電話］075-981-3001
［指定］本社

櫻井神社　（大阪府）

［住所］大阪府堺市南区片蔵
［電話］072-297-0043
［指定］割拝殿

住吉大社　（大阪府）

［住所］大阪府大阪市住吉区住吉
［電話］06-6672-0753
［指定］本殿

宇太水分神社　（奈良県）

［住所］奈良県宇陀市菟田野古市場
［電話］0745-84-2613
［指定］本殿

春日大社　（奈良県）

［住所］奈良県奈良市春日野町
［電話］0742-22-7788
［指定］本社本殿4棟

石上神宮　（奈良県）

［住所］奈良県天理市布留町
［電話］0743-62-0900
［指定］本社拝殿、摂社出雲建雄神社拝殿

出雲大社　（島根県）

［住所］島根県出雲市大社町杵築東
［電話］0853-53-3100
［指定］本殿

神魂神社　（島根県）

［住所］島根県松江市大庭町
［電話］0852-21-6379
［指定］本殿

吉備津神社　（岡山県）

［住所］岡山県岡山市北区吉備津
［電話］086-287-4111
［指定］本殿及び拝殿

厳島神社　（広島県）

［住所］広島県廿日市市宮島町
［電話］0829-44-2020
［指定］本社本殿・幣殿・拝殿、本社祓殿、摂社客神社本殿・幣殿・拝殿、祓殿、東西廻廊

住吉神社　（山口県）

［住所］山口県下関市一の宮住吉
［電話］083-256-2656
［指定］本殿

神谷神社　（香川県）

［住所］香川県坂出市神谷町
［電話］0877-47-0770
［指定］本殿

青井阿蘇神社　（熊本県）

［住所］熊本県人吉市上青井町
［電話］0966-22-2274
［指定］本殿、廊、幣殿、拝殿、楼門

宇佐神宮　（大分県）

［住所］大分県宇佐市南宇佐
［電話］0978-37-0001
［指定］3棟の本殿

※国宝　建造物　神社カテゴリに含まれるものの中で、寺院（輪王寺大猷院、歓喜院聖天堂（本殿）、園城寺新羅善神堂、醍醐寺清滝宮拝殿、圓成寺春日堂・白山堂、三仏寺奥院（投入堂））のものは掲載していない。

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