山科神社（やましなじんじゃ）は、京都府京都市山科区にある神社。山科社とも。日本武尊と、その子の稚武王を祀る。

『延喜式』巻9・10神名帳 畿内神 山城国 宇治郡「山科神社二座」に比定される式内社（名神大社、月次・新嘗）。ただし、『延喜式』臨時祭 名神祭には掲載されていない。近代社格では村社。

社伝によれば、寛平9年（897年）、第59代宇多天皇の勅命により創建された。当地の豪族・宮道氏の祖神であり、山科一宮（一ノ宮）、総氏神として崇敬を受けた。

なお、同じような由緒、創建時期の神社に、宮道神社がある。

盛時には、社領を丹波、山城に持ち、社殿の規模も大きかったが、度々の兵火のため焼失し、現在は、三間社流造の本殿及び権殿、拝殿、神庫などが残っている。

現在は独立の神社ではあるが、岩屋神社は当社奥の院であるとしており、忠臣蔵・赤穂浪士の大石良雄（大石内蔵助）が山科に隠棲していた時、岩屋神社に参篭して大願成就を祈ったと伝えられる。

明治6年（1873年）村社に列し、戦後は神社本庁に属す。例祭は、「山科祭」と呼ばれ、毎年10月10日に行われる。

【ご利益】
武運長久、旅行・交通安全、満願成就

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