三井神社（みついじんじゃ）は、京都府京都市左京区の賀茂御祖神社（下鴨神社）境内にある神社で、境内摂社の一つ。

『延喜式』巻9・10神名帳 畿内神 山城国 愛宕郡「三井神社」に比定される式内社（名神大社、月次・新嘗）の論社。賀茂御祖神社の本社本殿域のすぐ西側に鎮座する。

一説に賀茂御祖神社鎮座よりも古くから祀られていたとされる。『山城国風土記』（逸文）に下記のようにある。

蓼倉里三身社、三身（ミミ）と称するは、賀茂建角身命・丹波の伊可古夜日女・玉依日女の三柱の神が坐す故に、三身社と号す。今、三井社（ミイ ノヤシロ）と云う

御祭神は賀茂建角身命、伊賀古夜媛命（いがこやひめ）、玉依媛命。玉依媛命と、その両親という形。

当社社頭の案内では、「蓼倉里は、奈良時代から平安時代にかけて、このあたり一帯は蓼倉郷と呼ばれていました」とある。

賀茂御祖神社の東方・高野川西方の蓼倉の地（現蓼倉町付近か）にあったとされるが、その旧社地は不明。高野川の河道変動などにより、現在地に遷ったと推測されている。

なお、三身社の旧社地は旧蓼倉郷の田地字塚廻で、現下鴨塚本町とする研究がある。現在当社は中門内・左（西側）の一画を占めている。

楼門を入った境内中央に拝殿（入母屋造妻入・桁行二間梁間一間・檜皮葺）、その北側に本殿３祠（一間社流造・檜皮葺）が南面して並び、西側に末社３祠（一間社流見世棚造・檜皮葺）が東面して並ぶ。

境内末社に諏訪社、小杜社、白髭社がある。これについて、社頭案内では以下のように記されている。

平安時代の当神社社頭絵図・鴨社古図に描かれている神社です。各社の位置などは現在なお変わりません。これらの神社は糺すの森を禁足地とし、ご社殿前の斎庭の葵草と苔庭など自然のなかに祀られる、古代神社の姿を伝える貴重な神社です

このうち、諏訪社は式内小社「須波神社」の論社。他の論社に、賀茂別雷神社（上賀茂神社）境内摂社の式内同名神社、左京区静市静原町の静原神社がある。