問題としては、今もなお犯行が行われているのか、それとも以前行われた犯行が明らかになってきているのか、判断がなかなかつかない点。どちらにしろ由々しき問題ですが、起こったことはどうしようもない、という観点から言えば、前者であれば早急な再発防止策が必要ですし、後者であれば全容解明と犯人の特定と確保が必要。

京都府京都市
・二条城…世界遺産。被害は国宝・二の丸御殿
・東寺…世界遺産。護摩壇の畳、灌頂院東門の門扉など
・狸谷山不動院

奈良県奈良市
・東大寺…世界遺産。大仏殿や南大門（いずれも国宝）
・春日大社…世界遺産。勅祭社。南門の扉構えと柱
・唐招提寺…世界遺産。金堂（国宝）

奈良県桜井市
・長谷寺…国宝・本堂や、重文・木造十一面観音立像
・安倍文殊院
・談山神社
・普門院不動堂

奈良県明日香村
・飛鳥寺
・橘寺
・岡寺
・飛鳥坐神社

奈良県橿原市
・橿原神宮…勅祭社。外拝殿の柱、石畳など
・久米寺…金剛力士像など2建造物の計10か所

奈良県吉野町
・金峯山寺…世界遺産。本堂・蔵王堂（国宝）外側の柱4本など
・東南院…多宝塔と護摩堂の縁側

奈良県その他
・当麻寺（葛城市）…四天王立像のうち2像に被害
・松尾寺（大和郡山市）
・信貴山朝護孫子寺（平群町）

千葉県
・香取神宮（香取市）…勅祭社。「楼門」（重文）など
・成田山新勝寺（成田市）

茨城県
・鹿島神宮（香取市）…勅祭社。拝殿など10か所

香川県
・金刀比羅宮（琴平町）

静岡県
・三嶋大社（三島市）

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