吉水神社（よしみずじんじゃ）は、奈良県吉野郡吉野町にある神社。近代社格では村社。ユネスコの世界文化遺産「紀伊山地の霊場と参詣道」の構成資産の一つ。

「吉」の正確な表記は「士」ではなく、「土」の下に「口」。吉野の桜の名勝としても知られ、境内からは中千本、上千本の吉野千本桜を眺望できる。

もとは金峯山寺の僧坊・吉水院（きっすいいん）だったが、明治維新の神仏分離（廃仏毀釈）により、神社となった。後醍醐天皇を主祭神とし、併せて南朝方の忠臣であった楠木正成、吉水院宗信法印を配祀する。

社伝では、白鳳年間（7世紀後半）に役行者により建立されたと伝えられる。南北朝時代、後醍醐天皇が吉野に潜幸した際、宗信法印の援護を受けて吉水院に行宮を設け、一時居所とした。

当社が南朝皇居と呼ばれる所以。後醍醐天皇の崩御の後、後村上天皇が後醍醐天皇の像を作って吉水院に奉安した。

明治時代に入ると、神仏分離の観点から天皇を仏式で供養することが問題視され、明治4年（1871年）5月に五条県が吉水院を神社に改めて吉野神社とする案を太政官政府に提出、政府は後醍醐天皇を祀る神社を別に作る（現 吉野神宮）ことを望み、許可されなかった。

しかしいよいよ金峯山寺の廃止が迫る情勢となったことから、奈良県が神社への改組を働きかけ、明治6年（1874年）12月17日に後醍醐天皇社の名で神社になることが太政官に承認された。

明治8年（1875年）2月25日に吉水神社に改称し、やがて村社に列した。

後醍醐天皇のほか、源義経や豊臣秀吉ゆかりの地でもあり、多くの文化財が所蔵されている。本殿は旧吉水院護摩堂である。

隣接する書院には、後醍醐天皇の玉間と源義経が潜居したと伝えられる間があり、国の重要文化財に指定されている。

インターネット上では、時事問題にも言及する当社宮司のブログが話題になることがある。北朝鮮拉致被害者のための祈祷を行うことでも知られる。

当社やその近辺は『咲-Saki- 阿知賀編』ゆかりの地として知られ、登場人物の一人の実家として当社が設定されており、聖地化している（アニメ聖地の神社）。

【ご利益】
邪気払い、「勇気と希望」授かり（公式HP）

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