例祭では、6年ごとの勅使参向のほか、その他の年でも宮内庁より御使が参向し、また、神社本庁献幣使・責任役員総代会長・行政首長・香取神宮宮司を始め、県内外の神社関係者・氏子崇敬者約400名が参列する。

式年大祭「御船祭」は、外海の太平洋と西の内海の中で水運によって栄えた要衝地に鎮座する当社ならでは、常陸国風土記に「毎年七月に舟を造りて津宮に奉納する」とあり、その起源は極めて古く、およそ1700年前の第十五代応神天皇の御代より伝わるとされている。

内海での御船祭としては最古最大の祭典。9月1日午前10時、勅使を迎え、例祭が厳粛に斎行される。午後4時半、提灯まちの神事があり、大きな青竹に大量の提灯をつけた大提灯が勇壮に練り歩き奉焼され、午後8時に神幸祭が斎行、神輿が行宮へ渡御する。

9月2日午前8時、行宮御発輿祭の後、約2000名の供奉員による「鹿島立ち」の陸上大行列があり、一路大船津へ。北浦沿岸の大船津に設置された桟橋を通って鳥居をくぐり御座船へと進む。

神輿を奉戴した竜頭で飾り付けた御座船は八十余隻の供奉船を従えて鰐川から浪逆浦を経て香取市加藤洲の斎杭まで進む。その間の船団渡御は約2時間。拝観は大船津より南へ伸びる堤防、新田、谷原、鰐川の両岸の堤防が良いとされる。

正午頃、香取神宮による御迎祭があり、対岸の潮来河岸では、奉迎者の前で奉祝行事が行われる。御迎祭を終えると船団は一路帰途へつき、午後4時半に楼門前にて行宮御着輿祭が執り行われる。9月3日午前10時、行宮祭を斎行、午後3時には神輿を本宮に還御する還幸祭が行われ、12年に一度の大祭は終りを告げる。

前回の御船祭は平成26年9月1日だったため、次回は平成38年9月1日。

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