内藤虎次郎は「卑弥呼考」（明治43年（1910年））も含め、邪馬台国論争において、邪馬台国の位置を「畿内」に、卑弥呼を第十一代垂仁天皇の皇女である「ヤマトヒメ」に比定しているとされる。

卑弥呼＝神功皇后説を打破し、邪馬台国九州説を唱えた那珂通世と親しいとされる。

「卑弥呼考」は、白鳥庫吉による邪馬台国九州説に応戦する形で発表されたもので、以降の邪馬台国論争における、

・白鳥―東京大学―九州説
VS
・内藤―京都大学―畿内説

の構図を作り上げることになる。

なお、「卑弥呼考」はこちらにも収録されているという。

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